Páteřním tokem území je Ohře s VD Skalka. Významnými přítoky ve správním území Chebu je pravobřežní přítok Břehnický potok, Maškovský potok a levobřežní přítoky Střížovský potok a Slatinný potok. Do VD Skalka ústí ve správním území Chebu zleva Libský potok.
Jižní část území města Cheb dále odvodňuje Odrava a Mohelnský potok zásobující VD Jesenice. Celé VD Jesenice leží ve správním území Chebu. Do VD Jesenice ústí zleva Hájský potok.
Z hlediska pravděpodobnosti povodňového ohrožení nastává největší riziko na Ohři, Břehnickém potoce a Odravě (Mohelnský potok). Vzhledem k faktu, že Ohře i Odrava pramení v Německu, je důležité sledování také
